Кафедра гидрогеологии и инженерной геологии создана на базе кафедры «Общая геология и гидрогеология», функционировавшей в составе геолого-географического факультета, которая в 2003 году была разделена на две самостоятельные кафедры: «Общая геология» и «Гидрогеология и инженерная геология».
В 2003-2008 годах кафедрой руководил доц. А.А.Масимов, в 2008-2015 годах – доц. А.И.Хасаев, а в 2016 году на должность заведующего кафедрой был избран проф. Б.Г.Галандаров. На кафедре гидрогеологии и инженерной геологии работали такие гидрогеологи, как проф. Г.Ю.Исрафилов, проф. А.Д.Асланов, доц. А.М.Магеррамова, доц. О.М.Ахмедова, доц. Б.А.Абадов. В настоящее время здесь продолжают свою деятельность доценты М.А.Мамедова (декан), Э.А.Мамедова и преподаватель Г.Н.Гусейнова, а также члены учебно-вспомогательного персонала – старшие лаборанты У.Ю.Гасанова и А.А.Мирзоев. В то же время, к учебному процессу кафедры привлечены опытные специалисты из разных геологических научно-производственных предприятий республики.
На кафедре гидрогеологии и инженерной геологии студенты-бакалавры получают образование по одной специальности (инженерная гидрогеология), а магистранты – по трем (гидрогеология, гидрогеоэкология и инженерная геология).
В настоящее время выпускники кафедры работают в ОАО «Азерсу», Министерстве экологии и природных ресурсов, гидрогеолого-мелиоративной экспедиции ОАО «Мелиорация и водное хозяйство», научно-исследовательских институтах НПО «Азербайджанская гидротехника и мелиорация», Государственной нефтяной компании Азербайджанской Республики (SOСAR) и других предприятиях и организациях.
Профессорско-преподавательским составом кафедры подготовлены и изданы такие учебные пособия, как «Динамика подземных вод», «Гидрогеологические методы исследования», «Мелиоративная гидрогеология», «Основы инженерной геологии», «Общая гидрогеология» (методическое указание), «Водоснабжение и мелиоративная гидрогеология», «Основы космической геологии», «Гидрогеоэкология», «Существующие и перспективные источники населения г. Баку, их экологические проблемы» и др.
Основным направлением научных исследований кафедры гидрогеологии и инженерной геологии по-прежнему является комплексное изучение формирования гидрогеологических и инженерно-геологических условий Азербайджана. Результаты научно-исследовательских работ в дальнейшем применяются при подготовке магистров и на производстве.
Профессорско-преподавательский состав кафедры поддерживает тесные связи с зарубежными научно-образовательными структурами, периодически публикует статьи в ряде влиятельных научных изданий США, Великобритании, Турции, России, Ирана, Грузии, Казахстана, Украины и других стран.