Кафедра кристаллографии, минералогии и геохимии была создана в 1974 году на базе кафедры полезных ископаемых, вначале ее возглавлял проф. С.А.Бекташи, а затем – проф. В.И.Алиев. В 1984 году, во время расширения кафедр общего профиля в университете, структура вновь была объединена с кафедрой полезных ископаемых, а с 1992 года снова приступила к самостоятельной деятельности, заведующим кафедрой был избран проф. Адхам Исмаил оглу Махмудов (1992-2006). С 2006 года кафедру возглавляет академик РАЕН, лауреат премии имени академика НАНА Мусы Алиева, заслуженный деятель науки, проф. Мамед Иса оглу Чирагов. В профессорско-преподавательский состав кафедры входят доценты Керим Ганбар оглу Рагимов, Афет Фахреддин гызы Ширинова, старший преподаватель Айгюн Галибгызы Мамедова и учебно-вспомогательный персонал – старший лаборант Юзбашева Ульвия Ага Гасан гызы. В качестве профессоров-совместителей на кафедре работают доктора геолого-минералогических наук проф. З.Б.Абдуллаев и доц. Н.А.Новрузов.
Сотрудники кафедры ведут научные изыскания в области кристаллохимии, минералогии и геохимии рудных и нерудных месторождений Азербайджана. На кафедре также проводятся научно-исследовательские работы в направлении сравнительного кристаллохимического анализа строения сложных силикатов, моделирования процессов минералообразования и прогнозирования новых минералов в аспекте смешанных структур. В данной области сотрудниками кафедры опубликованы десятки статей в зарубежных журналах с импакт-фактором, а также в авторитетных научных изданиях республики. В период существования кафедры на основании грантов Фонда науки инновационным путем в кристаллохимическом аспекте были уточнены составы строительных и вяжущих материалов, физико-химические свойства и возраст древнеалбанских памятников.
Заведующим кафедрой проф. М.И.Чираговым совместно с сотрудниками НАНА была на высоком уровне подготовлена и впервые издана на азербайджанском, русском и английском языках энциклопедия «Минералы Азербайджана». Кафедрой также издана монография «Сравнительная кристаллохимия кальциевых и редкоземельных силикатов» (на русском языке), впервые на азербайджанском языке увидели свет такие учебники и учебные пособия, как «Кристаллография», «Кристаллохимия», «Кристаллография и кристаллохимия», «Геохимия», «Экспериментальная минералогия», «Геохимия процессов» и «Изоморфизм в минералах».