Kristalloqrafiya, mineralogiya və geokimya kafedrası 1974-cü ildə Faydalı qazıntılar kafedrasının bazası əsasında yaradılmış, kafedraya əvvəlcə prof. S.Ə.Bəktaşi, daha sonra prof. V.İ.Əliyev rəhbərlik etmişdir. 1984-cü ildə Universitetdə ümumi profilli kafedraların genişləndirilməsi zamanı qurum yenidən Faydalı qazıntılar kafedrasına birləşdirilmiş, 1992-ci ildən isə müstəqil fəaliyyətini təkrarən bərpa etmiş və prof. Ədhəm İsmayıl oğlu Mahmudov (1992-2006) kafedra müdiri seçilmişdir. 2006-cı ildən kafedraya Əməkdar Elm Xadimi, prof. Məmməd İsa oğlu Çıraqov rəhbərlik edir. Kafedranın professor-müəllim heyəti dosentlər Əvəz Bahadur oğlu Şirəliyev, Kərim Qəmbər oğlu Rəhimov, Afət Fəxrəddin qızı Şirinova, baş müəllim Aygün Qalib qızı Məmmədovadan ibarətdir. Kafedrada geologiya-mineralogiya elmləri doktorları Z.B.Abdullayev və H.İ.Mahmudov əvəzçi-professor vəzifəsində işləyirlər. Kafedra əməkdaşları elmi tədqiqat işlərinin aparılmasında əsas qüvvələrini Azərbaycanın filiz yataqlarının geokimyası, mineralogiyası və kristalloqrafiyasının (mürəkkəb tərkibli silikatların quruluşlarının) tədqiqinə yönəltmişlər. Kafedra əməkdaşlarının 2010-cu ildə «Eksperimental mineralogiya, geokimya və petrologiya» dərsliyi çapdan çıxmışdır.